福建省纪委、省监委合署办公,内设26个职能部门:办公厅、组织部、宣传部、政策法规研究室、党风政风监督室、信访室、案件监督管理室、第一至第十三纪检监察室、案件审理室、调查技术室、追逃追赃和申诉复查室、纪检监察干部监督室,以及机关党委、离退休干部工作处等26个部门。
福建省委巡视工作领导小组办公室为省委工作机构,设在省纪委。
此外,还有省纪委反腐倡廉舆情信息中心、福建省廉政教育中心、省纪委技术文印中心等3个下属事业单位。
省纪委派驻纪检组39个,其中综合派驻纪检组28个、单独派驻纪检组11个。